يعتبر الحزب الوطنى الاتحادى ابو الحركة الوطنية وامتداد لحركة اللواء الابيض ونتاج طبيعى لمؤتمر الخريجين الذى نشأت بداخله جميع الاحزاب الاتحادية والاستقلالية والماركسية.
كانت الاحزاب الاتحادية تتطلع لوحدة مع مصرتختلف فى مضامينها من اندماج الى وحدة سيادة الى كونفدرالية وهكذا حتى قيام ثورة يوليو المصرية وبما لزعماء الحركة الاتحادية من علائق مع نجيب تكون وفد من الاحزاب الاتحادية لمباركة الثورة المصرية وقد كان ان اقترح الرئيس نجيب وحدة الاحزاب الاتحادية لمجابهة حزب الامة فى الانتخابات المزمعة فى 1954 حتى تتحقق وحدة وادى النيل بما يتراضى عليه مستقبلا لشكل الوحدة بين البلدين
وفى الاسكندرية فبرابر 1953 وبرعاية ناصر انجزت الوفود الاتحادية وحدة اندماجية اسست للحزب الوطنى الاتحادى ترأسه الزعيم الازهرى واستطاع الفوز فى الانتخابات التشريعية وفق اتفاقية الحكم الذاتى بأغلبية المقاعد فى المجلسين النواب والشيوخ مشكلا حكومته منفردا فى سابقة لم تتكرر فى الديمقراطيات اللاحقة بمهام ثلاث هى السودنة والجلاء وتقرير المصير وانجزت الحكومة السودنة والجلاء قبل عام من انتهاء أمد الحكومة مما مكنها من اعلان الاستقلال من داخل البرلمان فى 19/12/1955
لتسقط حكومة الازهرى بعد ستة شهور من الاستقلال جراء لقاء السيدين الشهير قبيل الاستقلال بأيام لتحل محله حكومة السيدين برئاسة الاميرلاى/ عبدالله خليل الذى سلمها بدوره لكبار جنرالات الجيش ليعود الحزب الوطنى الاتحادى معارضا ومساهما فى ثورة اكتوبر التى اطاحت بحكم العسكر.
وفى الديمقراطية الثانية لم يستطع الحزب احراز اغلبية تمكنه من الحكم منفردا جراء انفسام الختمية منه مما اضطره للائتلاف مع حزب الامة لتشكيل حكومة ولان النظام الديمقراطى قرر اتباع النظام الرئاسى واجراء انتخابات لرئاسة الجمهورية مطلع العام 1970 قرر الحزب الوطنى الاتحادى الاندماج مع حزب الشعب الديمقراطى وتكوين الحزب الاتحادى الديمقراطى لاسيما بعد اتحاد جناحى حزب الامة لكن دبابات النميرى وأدت الديمقراطية ولم تحقق حلم الحزب الاتحادى الديمقراطى الذى تكون فى العام 1967
وبعد استشهاد الازهرى فى 26/8/1969 بالمعتقل تصدى لقيادة الحزب الجديد والمعارضة الشريف حسين الهندى والذى لحق بالازهرى شهيدا فى9/1/1982 ليعود الحزب بعد سقوط حكم النميرى فاقد لكل جيل الاباء المؤسسين ليتم التراضى على الشريف زين العابدين الهندى امينا عاما للحزب والسيد محمد عثمان الميرغنى راعيا للحزب خلفا لوالده ولطول الغياب عن الجماهير وقصر الفترة الانتقالية ولعدم أكتمال مؤتمرات الحزب بخلاف مؤتمرى الجزيرة وكردفان جاءت نتيجة الحزب تالية لحزب الامة تضمن له مشاركة ائنلافية فقط.
وبعد انقلاب الجبهة الاسلامية القومية بقيادة البشير تصدى الحزب للمعارضة مترأسا للتجمع الوطنى الديمقراطى المعارض,
ومنذ العام 2003 كثر الحديث عن مؤتمر عام للحزب وجراء الرفض لفكرة مؤتمر بالخارج (المرجعيات) (والتى دعمها الشيخ ازرق طيبة واوفد ممثل شخصى له حضر المؤتمر حاملا رسالة للميرغنى ) تكونت فصائل وتيارات واحزاب اتحادية رفضت مؤتمر المرجعيات من ضمنها وبأقتراح من جمعية الشريف حسين النضالية التى كانت تهتم بتراثه وتشرف على التأبين فى كل يناير اقترح استعاد الحزب الوطنى الاتحادى لضرورات اهمها:-
1/ حفظ تراث الحركة الاتحادية من عبث العابثين خوفا من تسجيل الحزب واحتكار الاسم ممن لاعلاقة لهم بتاريخ الحزب كما حدث ان سجل النور جادين حزب الامة القومى
2/العمل على وحدة الاتحادين بأسس موضوعية لاعاطفية الفيصل فيها المبدأ والموقف من الشمولية مما استدعى الفهم لطبيعة المرحلة الانتقالية لاستعادة الحزب ووقف الاستقطاب لعضوية وعدم الظهور بمظهر حزب مكتمل الهياكل لكنه كان حضورا فى المحافل الاتحادية وداعيا للوحدة
3/ظهور مسجل للاحزاب يحظر النشاط السياسى مالم يتم التسجيل او الاخطار
ولاننا كنا مستوعبين انها مرحلة انتقالية قررنا الاخطار فقط باستعادة الحزب الوطنى الاتحادى صبيحة السبت 17/يناير/2004 واصدرنا نداء الاشفاء والنظام الاساسى وملامح البرنامج السياسى والفكرى وتكونت هيئة قيادة من 13 عضو هم
مولانا الراحل/ حسن مصطفى وزير الشباب فى الديمقراطية الثالثة الرئيس
الدكتور/ معتز عبدالعزيز بر نائبا للرئيس
السيد/ بكرى على الازهرى امينا عاما
الراحل / احمد الامين الدنقلاوى نائبا للامين العام
السيد/ حسن الطيب عضوا
االراحل/عقيل مادبو عضوا
السيد/ احمد حامد عضوا
السيد/ هيثم الشريف عضو
السيد/ احمد الحاج عضوا
السيد/محمد الحافظ عضوا
الدكتور/المعتز على موسى عضوا
السيد/ ياسر بلال عضوا
السيد/ عبدالله الشريف الهندى عضوا
ثم بدأ الحزب مهامه الثلاث متوجا مسعى الوحدة بالتوقيع على ميثاق الشارقة فى 24/5/2006 ثم لقاء ام دوم الاول والثانى واجتماع نادى الخريجين بامدرمان 21 أكتوبر 2008 وقبيل الانتخابات الاخيرة ولانتهاء مهلة مجلس الاحزاب للتسجيل للاحزاب الراغبة فى خوض الانتخابات تم تسجيل الحزب بعد انضمام مجموعة الهبئة العامة ومجموعة الشيخ ازرق طيبة( التى شرعت فى اجراءات تسجيل حزب بمسمى الوطنى الاتحادى الديمقراطى لكن رؤية الشيخ الثاقبة اوقفته لدعم الحزب الوطنى الاتحادى) ليتم اعادة تشكيل هيئة قيادة الحزب لاسيما بعد رحيل الريس حسن والدنقلاوى الدينمو المحرك للحزب فى فاجعة بعد اسبوعين من التسجيل ليتم التراضى على رئاسة الاستاذ/ يوسف محمد زين مواصلا للتخلق الثالث للحزب الذى بدأ مع استعادته فى 2004م
يتبع